市民科学研究室で取り組んでいる調査研究は、次のような手順や体制でなされています。
1）普段は各種の研究会が定例の会合を開き、そこでその研究会が扱っているテーマについて、様々な知見を学びつつ、議論を重ねている。
2）研究会で得られた何らかの成果なりを外に向かって、市民科学講座などのイベントや『市民研通信』の記事論文として発表することにしている。
そして、この1）や2）を続けていくなかで、次のステップに進むものが生まれてきます。
3）ある特定のテーマについて、1年もしくは2年といった長期にわたって本格的に調査すべきだと議論がまとまれば、その事業を「プロジェクト」として新たに立ち上げる。
4）プロジェクトの内容によっては、適切な助成団体からの助成を獲得できるように、申請書を提出し、また、研究会のメンバー以外からも調査に携わるプロジェクトメンバーを公募する。
5）プロジェクトはその活動実績や成果を随時、市民研のウェブサイトなどで公開していく。
過去に取り組んだプロジェクトの多くは助成金を受けてすすめたものなので、こちらにそれらのテーマを掲げていますが、現在活動中のプロジェクトについては、以下にその概要を記し、皆さんのご参加やご支援を呼びかけたいと思います。
【2024年現在、進行中のプロジェクト】
・子ども料理科学教室
（子どもゆめ基金、キユーピーみらいたまご財団などの助成を受けて）
・「はかる、わかる、そなえる」 あなたの街・家・教室の電磁波環境 測定と対策の協働プロジェクト
・外環振動・低周波音調査会
（高木仁三郎市民科学基金の助成（2021年度～）を受けて）
・図書館プロジェクト
（アーカイブ研究会と市民科学者育成塾の活動から発足）
・VIPROS 生命科学での映像製作の支援プロジェクト
・市民科学者育成塾
（大竹財団の助成を受けて）