市民科学研究室は現在、常勤（フルタイム）の代表理事1名と週2日勤務の事務局が定期的に事務所にいて、他の理事5名。会計ならびにWeb管理アドバイザー、監事らと連絡をとりあいながら、皆で運営にあたっています。
2ヶ月か3ヶ月に1度開かれる「理事会」、そして年1回開かれる「総会」では、運営スタッフ全員が揃って審議することになります。
また、それぞれの研究会は、その研究会のメンバーから選出されたそれぞれの世話人が研究会の運営にあたっています。
| 代表理事（常勤） | 上田 昌文 |
| 理事 | 柿原 泰 |
| 理事 | 瀬野 豪志 |
| 理事 | 杉野 実 |
| 理事 | 三河内 彰子 |
| 監事 | 和田 雄志 |
上田 昌文（うえだ あきふみ）
大学では生物学を専攻。市民科学研究室の前身である「科学と社会を考える土曜講座」という名の市民による研究・学習グループを1992年を発足させて、科学技術関連の社会問題への取り組みを開始。2003年～2006年に科学技術社会論学会の理事メンバー。2005年～2007年に東京大学「科学技術インタープリター養成プログラム」特任教員。2010年～2018年に恵泉女学園大学で非常勤で「市民と環境政策」を担当。2013年～2019年に高木仁三郎市民科学基金・選考委員、2014年～2016年に科学技術振興機構（JST）サイエンスアゴラ助言グループメンバーなども務める。市民科学研究室は 2017年度「科学技術社会論・柿内賢信記念賞 特別賞」を受賞。各地での講演や大学でのゲスト講義や雑誌連載の執筆など多数。クラシック音楽と古本屋めぐりと子どもと遊ぶことが大好き。
瀬野豪志（せの たけし）
元来、人間についての話に関心があります。縁あって、音響や聴覚についての研究と制作をしています。人間についての科学技術の歴史をサウンド・スタディーズからどうやってできるか。誰もが研究できるサウンド・アーカイブをどうやって構築するか。いろんな方々の声を聞いてやっていきたいと考えています。
三河内 彰子（みこうち あきこ）
人はどのように自然（そして世界）を把握しようとしているのか。「人と自然」について文化人類学のアプローチで研究・教育をしています。理科教育に関わるようになってより「科学と社会」の関係に疑問が沸き、国内外のミュージアムや科学研究施設で（研究者も一般も含めた）コミュニケーションの研究をしています。そして、展示や大学の授業などを通じて実践を行い、循環させようとしています。市民研に入って10年を超え、市民として「科学と社会」について考える場があることは幸いと感じる日々。共に考え、この団体を持続させたいと思っています。
杉野実（すぎの みのる）
| 特任研究員 | 桑垣豊 |
| 特任研究員 | 橳島次郎 |
| 特任海外研究員 | 吉澤剛 |
| 事務局 | 坂本由紀子 |
| Webアドバイザー | 伊藤瞬 |
| 環境電磁界研究会 | 上田昌文（世話人）、網代太郎、鮎川哲也 |
| 食の総合科学研究会 | 小林友依（世話人）、上田昌文、神馬純江 |
| 低線量被曝研究会 | 柿原 泰（世話人）、瀬川嘉之、糸永眞吾、吉田由布子、永井宏幸、池辺靖、山口一郎、林衛、田口茂 |
| 熱とくらし研究会 | 桑垣豊（世話人）、上田昌文、橋本正明、瀬川嘉之 |
| 〈生命／生物／人間〉研究会 | 橳島次郎（世話人）、田川陽一、林宣宏、瀬野豪志、瀬川嘉之、東さちこ、中野浩、倉本宣、齐震（Qi Zhen）、伊沢尚子、上田昌文 |
| アーカイブ研究会 | 瀬野豪志（世話人）、上田昌文、三河内彰子、那須聡子、船岡佳 |
| 市民科学者育成塾 |
上田昌文（世話人）、杉野実、瀬野豪志、秋山和男、橋本正明 |
| 外環振動・低周波音調査会 | 上田昌文（世話人）、籠谷清、菊地春代、野村羊子、丸山重威、池田あすえ 他多数 |
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